GitHub 是一個(gè)軟件源代碼托管服務(wù)平臺(tái)，Linux 上使用的大部分工具都可以在上面獲得。

但是由于 GitHub 的服務(wù)器在國外，國內(nèi)訪問經(jīng)常出現(xiàn)網(wǎng)絡(luò)問題導(dǎo)致訪問失敗，尤其是使用 git clone 對 repo 進(jìn)行克隆的時(shí)候，會(huì)經(jīng)常出現(xiàn)因網(wǎng)絡(luò)問題而克隆失敗。

Linux 集群服務(wù)器的用戶，在比較難實(shí)現(xiàn)科學(xué)上網(wǎng)的前提下，對大型 repo 克隆的任務(wù)顯得尤為困難，而且想使用 gradle build 的話，git clone 似乎是唯一選擇。

既然 git clone 一兩次不成功，那我就想辦法讓他 clone 到成功為止，于是我就寫了一個(gè)循環(huán)腳本，將它投遞到計(jì)算節(jié)點(diǎn)上 24h 運(yùn)行，直到它克隆成功才結(jié)束任務(wù)。

以克隆 GATK （repo 大小約 300mb）為例，腳本如下：

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=GitClone        #任務(wù)名稱
#SBATCH --nodelist=litchi-0-1    #計(jì)算節(jié)點(diǎn)名稱
#SBATCH --partition=WHEEL        #使用 WHEEL 用戶組
#SBATCH --nodes=1                #使用計(jì)算節(jié)點(diǎn)數(shù)量
#SBATCH --ntasks=1                #使用 1 個(gè)線程
#SBATCH --mail-type=end            #任務(wù)結(jié)束時(shí)發(fā)送郵件
#SBATCH --mail-user=***@qq.com  #郵箱地址
#SBATCH --output=/home/$USER/Slurm_JobLogs/JobLog_%j_%x.log        #標(biāo)準(zhǔn)輸出保存路徑
#SBATCH --error=/home/$USER/Slurm_JobLogs/JobLog_%j_%x.err        #標(biāo)準(zhǔn)錯(cuò)誤保存路徑
#------------------------------------------------------------
# PRINT JOB'S INFORMATION
  source /home/$USER/.bashrc
  threads=$SLURM_NTASKS
  echo "## Job:[$SLURM_JOB_NAME]"
  echo "## Node:[$SLURM_NODELIST]"
  echo "## CPUs:[$SLURM_NTASKS]"
  echo "## Mem:[$SLURM_MEM_PER_NODE]"
  echo `date`
  echo -e $(printf -- "-%.0s" {1..100})"\n" #cut-off-line
#------------------------------------------------------------
# PATH
  repo_url="https://github.com/broadinstitute/gatk.git"
  repo_name="gatk"
#------------------------------------------------------------
# SHELL
  cd /home/$USER/Accessories/Softwares
  while true; do                #循環(huán)執(zhí)行任務(wù)
    git clone $repo_url            #執(zhí)行 git clone
    if [ $? -eq 0 ]; then        #如果以上命令的退出碼等于 0 (任務(wù)成功)
      echo "Git clone successful!"
      break                        #則退出循環(huán)
    else                        #如果命令的退出碼不等于 0 (任務(wù)失敗)
      echo "Git clone failed:( Retrying..."
      rm -rf ./${repo_name}        #則刪除這個(gè)repo
      sleep 1                    #睡眠 1 秒緩沖一下繼續(xù)循環(huán)
    fi
  done
#------------------------------------------------------------
# JOB ENDS
  echo -e $(printf -- "-%.0s" {1..100}) #cut-off-line
  echo "## Runtime:[`sacct -j $SLURM_JOB_ID --format=Elapsed --noheader | awk '{print $1}' | sed -n '2p'`]"

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這個(gè)腳本的路徑為 ~/Scripts/GitClone_GATK.sh

將任務(wù)投遞到計(jì)算節(jié)點(diǎn)運(yùn)行：

sbatch ~/Scripts/GitClone_GATK.sh

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最終，這個(gè)任務(wù)運(yùn)行了 40 次，歷時(shí) 13h，終于是克隆成功了！

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